Текущая версия Teamcity не предусматривает отдельный шаг сборки JUnit.
Полагаю, это из-за проблемы с определением пути к классам.
Вы можете явно указать classpath с помощью ant junit task .
Или Teamcity может получить тестовый путь к классам из проекта IDEA или IPR . Эти две ссылки объясняют, как запускать тесты junit как часть этапа компиляции.