Почему jaxb помещает его в этот класс?
Поскольку контекст JAXB содержит расширенный набор всех пространств имен, с которыми он создан, и он просто помещает их все в каждый генерируемый документ.
Это происходит потому, что пространства имен необходимо добавить к корневому элементу (чтобы избежать чрезмерно расточительного повторного объявления пространств имен для каждого дочернего элемента), и он не знает заранее, какие пространства имен требуются для любогоданный набор связанных объектов (JAXB поддерживает пошаговую сериализацию).
Таким образом, среда выполнения JAXB, вероятно, может избежать этого;но это не так.
Если вам это не нравится, вам нужно создать несколько контекстов.