Основное различие между ними заключается в языке, на котором они написаны.Приложения JavaFX создаются с использованием языка JavaFX Script и компилируются с помощью отдельного компилятора, который устанавливается поверх Java Development Kit и Java Runtime Environment.Вы можете использовать JavaFX Script для создания апплетов Java, но, конечно, апплеты могут быть написаны на Java без использования JavaFX.
JavaFX Script специально предназначен для создания многофункциональных интерфейсов и предназначен для облегчения разработки таких приложений,в то время как Java сама по себе гораздо более сфокусирована.