Вы, вероятно, объедините этот запрос на ведение,
так что вы можете снова извлечь этот конкретный файл от мастера,
в вашей ветке просто наберите:
git checkout master -- xcodeproj/project.pbxproj
git commit -m "removing a file from PR"
git push origin {YOUR BRANCH}