Вы уверены, что нет:
/home/konrad/test.h2.db
файл? Если нет, попробуйте это:
$ lsof -p `jps -ml | grep h2 | cut -d' ' -f1` | grep \.h2\.db$
Что он делает, так это ищет процесс Java консоли H2, захватывает его PID и перечисляет все открытые файлы этого процесса, фильтруя по расширению базы данных H2. Конечно, вы можете использовать PID любого другого процесса Java, обращающегося к этой БД. Если он сохраняется на диске, вы не можете его пропустить.