JRun - это полнофункциональная платформа Java EE, аналогичная WebSphere, а Tomcat - просто контейнер сервлетов. Однако с 2007 года у JRun не было никаких новых разработок. По сути, это мертвый продукт. Tomcat, с другой стороны, основан на сообществе и постоянно развивается. Если вам нужно больше, чем предлагает Tomcat, вы всегда можете добавить в смесь JBoss.
Теперь ничто не мешает вам запускать CF 9 на Tomcat, просто некоторые функции CF Admin направлены на настройку JRun. Я уверен, что администратор CF10 будет ориентирован на Tomcat, когда он прибудет.