JVM - это виртуальная машина Java , виртуальная машина на платформе Java, которая выполняет байт-код Java .
MSIL - это промежуточный язык Microsoft, который в настоящее время называется Common Intermediate Language (CIL), - это инструкции «самого низкого уровня для чтения человеком», то есть байт-код, который выполняется на Common Language Runtime (CLR), виртуальная машина на платформе .NET.
JVM и MSIL - это не сравнение яблок и яблок, поскольку одна из них представляет собой виртуальную машину, а другая - инструкции, которые выполняются на виртуальной машине.