При обновлении пакета RPM сценарии выполняются в следующем порядке:
1. %Pre of new package
copy in files for new package
2. %Post of new package
3. %Preun of old package
remove files of old package
4. %Postun of old package
Независимо от того, является ли установка новой или обновленной, каждому сценарию передается один аргумент, представляющий количество установленных RPM одного и того же пакета с разными версиями.
Для скриптов pre и post это будет 1 в случае первой установки.
Для сценариев preun и postun это будет 0 для последней деинсталляции.
Что может случиться в вашем случае, так это то, что сценарии preun или postun могут удалять файлы, полезные для нового пакета. Вам не нужно беспокоиться об удалении файлов вручную в сценариях postun, это будет обрабатываться интеллектуально, как сам RPM.
ref: Обновление и удаление