Поскольку она использует Netbeans, лучше всего настроить Tomcat с Netbeans, это вопрос секунды и весьма удобно.
В противном случае, если она следует стандартной структуре каталогов, она может просто удалить весь каталог приложения в каталог TOMCAT_HOME / webapps. И она найдет свое приложение в списке менеджера Tomcat.
Надеюсь, это поможет. Более того, лучше всего спросить себя. :)