Я не смотрел ни одной детали установки Repast Simphony, но часто то, что вы хотите, легче сделать с двумя установками Eclipse, которые используют одно и то же рабочее пространство.
Чтобы сделать уменьшенную версию, вы должны сделать копию оригинала и удалить все ненужные функции.