Проверьте ваш проект на сервере вручную, чтобы увидеть, все ли проверено. Честно говоря, единственный раз, когда я когда-либо видел, это когда я либо
развертывание старого тега
или
забыл проверить вещи в
Capistrano не делает ничего особенного - он просто выполняет svn co или svn export (в зависимости от ваших настроек).
Хотя это поможет увидеть ваш deploy.rb. Без этого я только догадываюсь.