Следующее должно сделать трюк:
string result = (Convert.ToDouble(s) / 1000).ToString("##0.000\\,00");
Деление 1000 изменяет местоположение десятичной точки. Каждый # или 0 является цифрой.
В качестве альтернативы вы можете использовать:
string result = Convert.ToDouble(s).ToString("000@000.00").Replace('.', ',').Replace('@', '.');