Вам не нужно останавливать свой IndexWriter для создания резервной копии индекса.
Просто используйте SnapshotDeletionPolicy, который позволяет вам «защитить» данную точку фиксации (и все файлы, которые она включает)от удаления.Затем скопируйте файлы в этой точке фиксации в свою резервную копию и, наконец, освободите фиксацию.
Хорошо, если резервное копирование займет некоторое время - если вы не освободите точку фиксации с помощью SnapshotDeletionPolicy, IndexWriter не будет удалять файлы (даже если, например, они были слиты вместе).
Это дает вам непротиворечивую резервную копию, которая является образом индекса на определенный момент времени, не блокируя текущую индексацию.
Я написал об этом в Lucene in Action (2-е издание), и есть отрывок из книги, доступной (бесплатной) из http://www.manning.com/hatcher3, «Горячие резервные копии с Lucene», которая описывает это более подробноподробно.