JBoss поставляется в комплекте с версткой Tomcat. Таким образом, JBoss по своей сути содержит Tomcat.
Tomcat отличается легким весом, а JBoss можно настроить для работы в качестве легкого контейнера.
Вы должны выбрать в зависимости от требований вашего приложения. Если вам не нужны какие-либо функции сервера приложений, вы можете использовать Tomcat.