ИМХО, linq-to-sql - это ваш уровень данных для простого CRUD. Вам не нужен прямой linq2sql в качестве бизнес-уровня, но давайте не будем начинать это обсуждение.
Если вы действительно хотите документировать их, вы можете расширить частичные классы: создать класс для доступа к linq-2-sql и добавить туда свою документацию. Скорее всего, вам в любом случае потребуется расширить их дополнительными бизнес-функциями, если вы собираетесь использовать их как бизнес позже.
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
namespace AdventureWorks
{
partial class Address
{
// some documentation here
{
}
}