Еще до того, как я конвертировал все для использования Fluent NHibernate и внедрения зависимостей, библиотеки NH моей компании были настроены на использование нескольких баз данных, и это можно было настроить через app.config (ну, в данном случае, web.config). Я полагаю, что он использовал менеджер сеансов, основанный на том, что описано в статье CodeProject Билла МакКафферти .
Если вам не нужно что-то более сложное, это во многом полезная оболочка для следующего:
Configuration cfg = new Configuration();
cfg.Configure(sessionFactoryConfigPath);
sessionFactory = cfg.BuildSessionFactory();
Вы можете использовать вышеупомянутое, чтобы создать свой собственный метод для передачи файла конфигурации фабрики сеанса и создания вашей фабрики сеанса.