Это известное поведение, обсуждаемое в вики затмения. Смотрите здесь: http://wiki.eclipse.org/M2E_plugin_execution_not_covered.
Не просто комментируйте проблемные разделы вашего pom, они действительно вам нужны. Например, сгенерированный комментарий для этого maven-war-plugin в pom: «Скопируйте статические веб-файлы перед выполнением gwt: run». Это оказывается верным. Если вы закомментируете этот плагин и «mvn clean gwt: run», статические файлы не будут скопированы в целевую папку и будут недоступны для хост-режима.
К счастью, обходной путь прост. Если вы откроете pom в Eclipse, загляните в раздел Overview и щелкните по сообщению об ошибке вверху, оно даст вам несколько вариантов быстрого исправления. Например, «Постоянно пометить цель, взорванную в pom.xml, как проигнорированную». Это добавит некоторую конфигурацию m2e к вашему pom, так что он больше не будет помечен как ошибка, и все будет работать как раньше. Вновь созданный раздел в вашем pom описан в ссылке выше как опция «ignore».
Надеюсь, это поможет.