Не уверен ... но попробуйте это (сработало для меня один раз)
Сначала анимируйте удаление UITableView, затем удалите объект из массива.
if (editingStyle == UITableViewCellEditingStyleDelete)
{
// Animate deletion
NSArray *indexPaths = [NSArray arrayWithObject:indexPath];
[[self tableView] deleteRowsAtIndexPaths:indexPaths withRowAnimation:UITableViewRowAnimationFade];
[[self displayedObjects] removeObjectAtIndex:[indexPath row]];
}