Хотя это действительно JPA, вы также можете отключить возникающие (раздражающие) уведомления об ошибках для каждого проекта, перейдя в
Project Properties => JPA => Errors/Warnings
Активируйте Enable project specific settings
и в Type
измените уровень уведомления для Class is mapped but is not in a persistence unit
с Error
на все, что вам удобно.
Обновление для Eclipse Luna:
Местоположение и название настройки изменились в Луне. Новое местоположение:
Project Properties => JPA => Errors/Warnings
Чек Enable project specific settings
Развернуть Project
Группа
Изменить Multiple persistence units defined:
на Ignore
.