У меня были подобные проблемы с этим раньше. В основном, если у вас есть iframe, содержащий страницу из домена, который отличается от домена главной страницы, javascript не сможет пересечь границы между ними. Javascript внутри iframe сможет общаться внутри iframe, javascript на главной странице сможет общаться на главной странице, но они не смогут общаться друг с другом.
Это проблема безопасности, направленная на прекращение межсайтовых скриптовых атак. Есть несколько хаков, которые вы можете использовать для решения этой проблемы, но все они (или, по крайней мере, те, о которых я знаю) довольно волосатые.
Вот несколько вопросов, на которые вы должны ответить, прежде чем пытаться идти дальше:
1) Что именно вы пытаетесь сделать между страницами, используя javascript?
2) У вас есть доступ к источнику обеих страниц?