Во-первых, (marker in markersArray)
неверно, поскольку in
не ищет элементы в массиве.
Ищет свойства.
То, как это сработало для меня, было
for (var i=0; i<markersArray.length; i++) {
if (markersArray[i].getPosition().equals(marker.getPosition())) {
...
Это работает до тех пор, пока вам нужно сравнить только координаты маркеров.
Мы используем здесь класс LatLng '.оператор равенства.