Я сделал это недавно, и мне пришлось написать JNI для захвата видео и его кодирования или декодирования.
Это боль, потому что вам приходится писать JNI для каждой платформы, такой как Windows 32 и 64 бит, OSX 32 и 64 бит и Linux 32 и 64 бит.
Использование JNLP (Java web start) - лучший выбор, чем апплет, поскольку он позволяет настроить его так, чтобы он автоматически загружал и устанавливал правильный JNI для текущей O / S.
Либо JNLP, либо Апплет потребует от вас создания подписанного фляги для работы.