Я думаю, вам нужно будет перейти к драйверу ruby, чтобы сделать это, поскольку я не думаю, что вы можете сделать это с самим MongoMapper:
subscribedToThread = Comment.collection.distinct("user_id", {:subscribe_thread => 1})
Вызов метода коллекции в модели возвращает коллекцию, как это было бы предоставлено драйвером Ruby напрямую, поэтому вы можете выполнить отдельный запрос, используя следующий синтаксис:
collection.distinct(key, query = nil)
Подробнее об этом можно прочитать здесь