Вы добавляли оба элемента холста каждый раз. Вот та часть кода, которая это делает, и быстрая проверка, которую я поставил на место.
if(flag ===1){
canvasDiv1.appendChild(canvas);
}else{
canvasDiv2.appendChild(canvas);
}
Вот ссылка на полный код, и я полагаю, что вы собираетесь.
http://jsfiddle.net/loktar/R3hyg/