Попробуйте добавить следующее в ваш файл .htaccess в корне вашего домена
RewriteEngine On
RewriteBase /
#if you get a request for this /index.php/controller
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/index.php/controller$
#redirect to just controller
RewriteRule . controller [R=301,L]
Если вам нужно, чтобы это работало для любой path_info, используйте вместо этого приведенное ниже правило
RewriteEngine On
RewriteBase /
#if you get a request for this /index.php(any-path)
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/index.php/(.+)$
#redirect to any-path
RewriteRule . %1 [R=301,L]