Проблема действительно довольно проста. Вы говорите, что создали UserControl, а затем добавили элемент управления Panel, который пристыкован, чтобы заполнить весь UserControl.
Таким образом, всякий раз, когда вы добавляете элементы управления в UserControl во время разработки, вы не добавляете их в элемент управления Panel, а вместо этого используете сам UserControl. Это приводит к тому, что они закрываются элементом управления Panel, который заполняет весь UserControl.
Вывод их на передний план является временным решением, поскольку они помещают их поверх панели управления. Однако он не помещает их внутри элемента управления Panel, поэтому они снова «исчезают» при перестройке проекта. Они на самом деле не исчезают, они просто снова скрываются элементом управления Panel, так как по умолчанию в Z-порядке они расположены под Panel.
Непонятно, зачем вам вообще нужен элемент управления Panel. Если он заполняет весь UserControl, он, похоже, не служит какой-либо цели. UserControl уже является контейнерным элементом управления, поэтому вам не нужна Panel. Попробуйте удалить его из UserControl, и тогда вы сможете добавить любые другие элементы управления, которые вы хотите во время разработки, без того, чтобы они были закрыты закрепленной панелью.
Если вам абсолютно необходимо, чтобы элемент управления Panel заполнял ваш UserControl, вам нужно добавить строку кода, которая автоматически добавляет элемент управления, сбрасываемый в UserControl во время разработки, в коллекцию Controls для Панель Контроль.