Вы можете, используя конвертировать расширение , используя опцию --filemap и исключить файл.
Но я думаю (поскольку вы возитесь с отношениями между идентификаторами наборов изменений и изменяете DAG (Направленный ациклический график), вы в конечном итоге получаете новый репозиторий, который не может использовать push / pull со старым. Надеюсь, это не такпроблема для вас.
Запустите несколько тестов: D