git clone предназначен для получения ваших репозиториев с удаленного сервера git.
git checkout предназначен для проверки желаемого состояния вашего хранилища (например, веток или определенных файлов).
Например, вы находитесь в основной ветке и хотите перейти в ветку разработки.
git checkout develop_branch
Например, вы хотите оформить заказ на определенный статус определенного файла
git checkout commit_point_A -- <filename>
Вот хороший справочник для вас, чтобы выучить Git, позволяет вам гораздо легче понять.