WiX не поддерживает это. Вам нужно написать некоторую автоматизацию сборки, чтобы извлечь версию из файла cs и передать ее в командную строку WiX во время сборки.
Лично я использую автоматизацию сборки, чтобы владеть версией сборки и загружать ее в WiX и C #. Поскольку я использую TFS Team Build, уже есть написанные библиотеки ( TFSVersioning ), которые делают это для меня.