Вероятно, это результат того, что AnkhSVN использует SVN 1.7, а Tortoise - нет (хотя в новых версиях Tortoise это делается).
http://subversion.apache.org/docs/release-notes/1.7.html#wc-ng
В 1.7 каталог .svn больше не находится в каждом версионном каталоге, а только в корне
"Ключевой особенностью изменений, внесенных в Subversion 1.7, является централизация хранилища метаданных рабочей копии в одном месте. Вместо каталога .svn в каждом каталоге рабочей копии, у рабочих копий Subversion 1.7 есть только одна .svn. директория - в корне рабочей копии. "