Из документов на UIPopoverController:
passthroughViews
Массив представлений, с которыми пользователь может взаимодействовать, пока отображается всплывающее окно.
@ свойство (неатомное, копировать) NSArray * passthroughViews
Просто установите для этого все, что вы хотите, чтобы оставаться интерактивным (self.view для всего), и всплывающее окно будет «игнорировать» отклонение от этих представлений. Он довольно удобен и доступен в версии 3.2+, что упрощает написание устаревшего кода.