Это из-за контейнера --- Граничный элемент.Граница находится в StackPanel, а ее высота определяется дочерним элементом.Поэтому, когда высота эллипса понижается, высота границы также уменьшается.
Решение простое, задайте для границы фиксированную высоту.
например
<Border VerticalAlignment="Top" Height="400" Width="400">
<Ellipse x:Name="FirstEllipse" Fill="Aqua" Height="150" Width="300" HorizontalAlignment="Center" VerticalAlignment="Center"/>
</Border>
Надеюсь, это поможет.