По моему мнению, если HTML / JS действителен, нет ничего плохого в том, что он немного грязный - конечный пользователь никогда его не увидит.Что касается того, что лучше с точки зрения дизайна, это действительно зависит от ситуации.
Лично я думаю, что это нормально иметь большой файл JS, который включен в каждую страницу, но некоторые люди предпочитают выводить кодв небольших блоках, где это необходимо.В конечном счете, это действительно зависит от того, что это за программа и что лучше всего подходит для вас.