Первая страница (x.html):
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
</head>
<body>
<script>
var w = window.open('y.html', 'w');
w.document.getElementById('target').onclick = function () { alert('!'); };
</script>
</body>
</html>
Вторая страница (y.html):
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
</head>
<body>
<button id="target">target</button>
</body>
</html>
У меня работает ...