Вы ссылаетесь на 'l' в get_elements, но это не входит в объем этой функции.
Вот подход с использованием ссылки на целочисленный список (изменяемый список):
boolarray = [|true; false; true; false; false; true|] ;;
type ilist = (int list) ref ;;
let intlist () : ilist = ref [] ;;
let push ( l: ilist) (x: int) : unit = l := x::(!l) ;;
let lst = intlist () ;;
Array.iteri ( fun i b -> if b = true then (push lst i )) boolarray ;;
!lst ;; (* => int list = [5; 2; 0] *)
Или, если вы предпочитаете избегать рефери (что обычно является хорошей идеей), это чище:
let get_true_list (b: bool array) : int list =
let rec aux i lst =
if (i = Array.length b) then lst else
(if b.(i) = true then ( aux (i+1) (i::lst)) else (aux (i+1) lst)) in
aux 0 [] ;;
(* using boolarray defined above *)
get_true_list boolarray ;; (* => int list = [5; 2; 0] *)