Возможно, вы можете использовать JavaXPCOM для этого. Примерно так должно работать:
import org.mozilla.xpcom.Mozilla;
import org.mozilla.interfaces.nsIServiceManager;
import org.mozilla.interfaces.nsIPrefBranch;
...
Mozilla mozilla = Mozilla.getInstance();
nsIServiceManager serviceManager = mozilla.getServiceManager();
nsIPrefBranch prefs = (nsIPrefBranch)serviceManager
.getServiceByContractID("@mozilla.org/preferences-service;1",
nsIPrefBranch.NS_IPREFBRANCH_IID);
prefs.setBoolPref("javascript.enabled", false);
Если вы не можете получить доступ к JavaXPCOM, то, скорее всего, это невозможно.