Если в таблице есть поле автоинкремента, это должен быть первичный ключ. Может быть только один первичный ключ.
Я бы не стал создавать автоинкремент только ради этого, так как тогда это означает, что вы должны добавить уникальный индекс в поля, которые являются естественным кандидатом на PK.
Единственный раз, когда я бы создал auto_increment в этом случае, это если естественный PK будет состоять из неподходящих типов данных (varchar и т. Д.), Или PK будет большим (в байтах) или охватит довольно много столбцов