Вы не можете найти имена таблиц в linux mysql, потому что по умолчанию они чувствительны к регистру.
А для окон - без учета регистра.
Не могу догадаться, работает ли для вас игнорирование чувствительности к регистру. Но вы можете сделать это, добавив строку в my.conf. то есть сделать mysql в linux нечувствительным к регистру.
mysqlserver:~# vi /etc/mysql/my.cnf
...
[mysqld]
lower_case_table_names = 1