Они оба создают собственный двоичный файл, который работает на устройстве. Короткий ответ: monotouch позволяет использовать SDK Apple на языке, отличном от Objective-C. Вы также получаете доступ к моно-библиотеке базовых классов и можете писать управляемый код вместо неуправляемого. В сущности, вы по-прежнему пишете приложение так же, как если бы вы решили использовать target-c, поскольку monotouch создает привязки к собственным сенсорным API Cocoa.
Adobe Air / Flex абстрагируется немного больше. Да, это позволяет вам также избегать использования объектива-c, но вы на самом деле не используете Cocoa Touch SDK, а Adobe. Это означает, что он потенциально более кроссплатформенный, но может не работать так же хорошо. В конечном итоге он по-прежнему компилируется в собственный двоичный файл.