У меня была такая же проблема.
В консоли, в папке базового проекта, я использовал следующие команды:
svn resolve --accept working .
Это, похоже, не исправило Eclipse.Но тогда я мог бы сделать:
svn revert .
и все это снова стало узнаваться в Eclipse.
Очевидно, что это легко сделать случайно в Eclipse - мой произошел из-за плохого перетаскиванияиз папки svn: ignore в папку SVN в файловом менеджере Eclipse, которую я пытался отменить на полпути.