AWT имеет собственный набор потоков, которые не зависят от основного потока.В результате, при использовании AWT часто возникают взаимоблокировки.Я подозреваю, что ваша проблема связана с тупиковой ситуацией, а не с тем, что вызывается через JNIЕсли вы не понимаете, о чем я, поищите в «тупике AWT» и убедитесь, что в вашем коде есть какие-либо общие шаблоны, приводящие к тупику AWT.