Вам следует публиковать или уведомлять своих пользователей, когда вы собираетесь вносить изменения в сайт, и делать это в то время, когда вы не ожидаете, что на вашем сайте будет много пользователей (например, в 2 часа ночи в воскресенье утром). (это может быть очевидно, а может и нет - я не пытаюсь звучать как придурок: D)
При этом вы можете создавать ajax-посты каждые несколько минут, которые позволят частично сохранить их работу, так что, если вы ДЕЙСТВИТЕЛЬНО загрузите их все, у них будет потеряно всего несколько минут.
Вы также можете настроить вторичную службу, которая хранит транзакции базы данных, пока основная база данных не станет доступной для записи. По сути, ваши страницы отправляют свою информацию на сервер и записывают ее во временную базу данных - пусть эта система запускает задания chron, которые проверяют, работает ли ваша основная БД, а затем отправляет все свои обновления, когда она снова работает.
Когда вы обновляете сайт, он по существу убивает все их сеансы - я слышал, что есть что-то, что вы можете сделать, чтобы сохранить сеансы при таких обновлениях, но я считаю, что это связано с MVC3.
Удачи.