Это мое личное мнение, но если вы сможете удовлетворить потребности своего приложения с помощью HTML и Javascript, вам, вероятно, будет намного лучше. Вашему приложению не потребуется Flash, оно, скорее всего, будет загружаться быстрее, будет работать лучше на мобильных устройствах и будет работать на iDevices, которые вообще не поддерживают Flash.
Тем не менее, существуют некоторые проблемы при создании некоторых типов приложений в HTML и Javascript, особенно если вам нужно работать с широким спектром браузеров. Использование популярной библиотеки, такой как jQuery или YUI, может помочь во многом благодаря этой кросс-браузерной совместимости, но некоторые возможности доступны только в более современных браузерах.
С другой стороны, некоторые вещи можно сделать лучше во Flash, чем в HTML (особенно в старых браузерах).
Итак ... ответ таков, это зависит от потребностей вашего приложения. Если бы это был я, я бы построил его на HTML и Javascript, если бы не нашел причину, по которой я не смог бы создать успешное приложение таким образом.
Что касается компьютеров с отключенным Javascript, то я считаю, что эти компьютеры в любом случае не занимаются современными вещами в Интернете и вряд ли будут клиентами чего-либо, что я бы построил в Интернете. Google отказался от поддержки компьютеров без javascript и некоторых старых браузеров из некоторых своих приложений, потому что стоимость разработки для этих случаев намного выше, чем выгода от тех немногих клиентов, которых вы могли бы получить. Применима ли эта логика к вашему приложению, очевидно, зависит от того, что вы делаете и к кому оно будет обращаться.