У меня это тоже было, и все параметры Mark Occurrence уже были проверены. Как всегда, попробуйте перезапустить Eclipse, у меня это сработало.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Это на самом деле вроде работает. В Eclipse есть ошибка: когда вы открываете проект в новом окне (в случае, если ваше первое окно Eclipse представляет собой беспорядок, полный проектов), оно начинает не работать. Если вам нужно, вы можете выбрать элемент и переключить подсветку на панели инструментов или использовать Alt + Shift + O, но вам придется делать это каждый раз, когда вы выбираете элемент.