Надеюсь, символическая ссылка - это все, что вам нужно.
Если вы работаете в Linux / Unix, вы должны выполнить команду создания символической ссылки следующим образом:
cd ".../Project Repo/Sub Folder 2/"
ln -s "../Sub Folder 1/File 1" "File 2"
В версии Windows, которая поддерживает символические ссылки, вы можете попробовать команду mklink:
cd ...\Project Repo\Sub Folder 2
mklink "File 2" "..\Sub Folder 1\File 1"