Я видел кого-то, у кого была эта проблема.Решением, которое я нашел, было просто импортировать его как обычный проект Android, и плагин Git Eclipse будет замечать файлы .git в каждой папке.Это позволит вам использовать проект как проект git И проект Android.
По сути, не делайте ничего, отличного от обычного проекта Android, и Git PLugin должен работать.Тем не менее, это было решением для моей единственной ситуации, оно может не относиться ко всем из них.