Я бы порекомендовал YUI компрессор , поскольку он широко используется и имеет интерфейс командной строки.
Вам также следует подумать об автоматизации вашего процесса сборки, чтобы вы могли собрать все с помощью одной команды. Если вы не хотите использовать существующий инструмент сборки, вы можете создать короткий файл .bat
для такого рода задач.
Сначала объедините ваши файлы:
type file1.css file2.css file3.css > combined.css
затем передайте его компрессору YUI:
java -jar yuicompressor.jar combined.css > combined-min.css