Для отладки динамически создайте окна и поместите туда ваш popover.html вместо того, чтобы помещать ваш popover.html в поповер.После отладки положите его обратно.
safari.application.addEventListener("command", OpenPopUp, false);
function OpenPopUp(event) {
var newTab = safari.application.openBrowserWindow().activeTab.url = safari.extension.baseURI + "your_pop_up.html";
}
Это моя первая публикация сообщения в stackoverflow.(Из Гонконга), пожалуйста, дайте мне немного голосов.