Определенно перейдите на MySQL сейчас - как на стадии разработки, так и на стадии производства (и подготовки?). Чем раньше вы это сделаете, тем меньше пользователей нарушат работу и тем меньше и проще будет миграция.
Сначала сделайте это в процессе разработки, чтобы увидеть, с какими проблемами вы столкнетесь, и решить их, прежде чем переходить к производству. Если бы вы продолжали использовать SQLite для разработки и MySQL для производства - вы в конечном итоге столкнулись бы с проблемами с различиями.