Возможно, что ваши схемы неполны для класса B, и поэтому jaxb не может успешно создать класс.если я вас правильно понимаю, вы говорите, что сгенерированный класс A не будет компилироваться после генерации из-за пропущенных классов?wsimport выкладывает какие-либо предупреждения?